Un ornithologue suisse est retrouvé mort dans un nid de cigognes. Malgré cette disparition, Jonathan décide d'assumer seul la mission qu'ils avaient organisée : suivre la migration des cigognes jusqu'en Afrique, afin de découvrir pourquoi nombre d'entre elles ont disparu. Au cours de son voyage parmi les tsiganes de Bulgarie, dans les kibboutz d'Israël et jusqu'aux confins de la jungle centrafricaine, Jonathan, confronté aux souvenirs confus de son propre passé, a rendez-vous avec sa destinée.